Située à proximité d'Edimbourg, Glenkinchie est avec Auchentoshan l'une des dernières distilleries en activité des Lowlands.

La distillerie s'appelait à l'origine Milton Distillery et fut fondée entre 1825 et 1833.

Elle fut fondée par les frères George et John Rate qui lui ont probablement donné son nouveau nom aux alentours de 1837.

Les frères Rate firent faillite en 1853, et les installations furent vendues à un agriculteur local qui transforma la distillerie en étable et en scierie.

Alors que la consommation de whisky reprenait au cours des années 1880, la distillerie fut rachetée et réhabilitée en 1881 par un assembleur d'Edimbourg.
Les travaux de réfection durèrent une dizaine d'années.

La distillerie intégra la D.C.L. (Distillers Company Ltd.) en 1914 et cessa d'utiliser ses propres surfaces de maltage en 1969.

Longtemps méconnue, elle a acquis ses lettres de noblesse grâce à la gamme des « Classics Malts » lancée en 1988. Glenkinchie mérite d'être visitée pour son musée de la distillation.

Le malt est également utilisé par des assembleurs, et entre dans la composition de Haig, Johnny Walker Red Label, Johnny Walker Black Label, Buchanan et Dimple.